جرایم در حکم خیانت در امانت از نظر مجازات تابع مجازات خیانت در امانت می­باشند، و مرتکبین آنها باستناد ماده ۶۷۴ قانون مجازات اسلامی مجازات می­گردند. این ماده برای ارتکاب خیانت در امانت مجازات حبس از شش ماه تا سه سال را مقرر نموده­است.

لازم به ذکر است که جرایم در حکم خیانت در امانت همانند خیانت در امانت دارای حیثیت عمومی و غیر قابل گذشت می­باشند و گذشت شاکی و مدعی خصوصی فقط جنبه خصوصی بزه را رفع می­کند و باستناد ماده ۲۲ قانون مجازات اسلامی موجب تخفیف می­گردد. ومجازات تعزیری به قوت خود باقی است.

همچین این جرایم به موجب ماده ۳۰ قانون مجازات اسلامی مصوب ۱۳۷۵ همانند خیانت درامانت  غیر قابل تعلیق می­باشد.
محکومین این جرایم علاوه بر مجازاتهای اصلی ماده ۶۷۴ به مجازاتهای تکمیلی ماده ۱۹ قانون مجازات اسلامی نیز محکوم می­گردند این ماده مقرر می­دارد:” دادگاه می­تواند کسی را به علت ارتکاب جرم عمدی به تعزیرات یا مجازاتهای بازدارنده محکوم کرده است به عنوان تتمیم حکم تعزیری یا باردارنده مدتی از حقوق اجتماعی محروم و نیز از اقامت در نقطه یا نقاط معین ممنوع و یا به اقامت در محل معین مجبور نماید.”این مجازاتها باید در حکم دادگاه ذکر شود.